Jabatan Keretapi Negeri Sabah ditubuhkan dibawah Ordinan Keretapi - Cap116 pada 01 Ogos 1914. Jabatan ini terletak dibawah Kementerian Pembangunan Infrastuktur. Ibu pejabat terletak di Stesen Tanjung Aru. Beroperasi sejauh 134 kilometer dari Tanjung Aru hingga Tenom dan mempunyai 13 buah Stesen Penumpang serta 1 buah Stesen Terminal Muatan Barang.