Pejabat Ketua Pegawai Keselamatan Malaysia ditubuhkan pada tahun 1957 dengan perlantikan seorang Pegawai Keselamatan Kerajaan yang ditempatkan di bawah Setiausaha Pertahanan. Peranan utama Pegawai Keselamatan pada masa itu merupakan perlaksanaan tugas-tugas keselamatan dan perlindungan di seluruh Kementerian dan Jabatan. Sejak penubuhannya hingga tahun 1960, pejabat ini ditempatkan di bawah Jabatan Perdana Menteri sebelum dipindahkan di bawah Kementerian Dalam Negeri. Pada tahun 1977 pejabat ini ditempatkan semula di bawah tanggungjawab Jabatan Perdana Menteri sehingga ke hari ini.

Pejabat Keselamatan Kerajaan Malaysia Negeri Sabah mula beroperasi pada tahun 1994 dan dikenali sebagai Pejabat Keselamatan Kerajaan Malaysia Negeri Sabah. Pada mulanya pejabat ini telah ditempatkan di Pejabat Hal Ehwal Dalam Negeri dan Penyelidikan, Jabatan Ketua Menteri. Memandangkan kekurangan ruang pejabat di Bahagian Hal Ehwal Dalam Negeri disebabkan oleh pertambahan Pegawai Keselamatan, maka Kerajaan Negeri dengan murah hatinya menempatkan Pejabat Keselamatan di Wisma MUIS.