Menyentuh tentang asal-usul Papar, terdapat lagenda bagaimana Daerah Papar mendapat namanya, iaitu keadaan tanah yang rata dan landai, dimana dalam bahasa Brunei keadaan rata itu disebut sebagai "Papar". Manakala terdapat satu lagi cerita iaitu dari batang-batang kayu hanyut yang banyak terdampar apabila berlaku banjir. Kayu-kayu yang hanyut itu juga di sebut Papar.

Sebelum British memulakan pentadbiran mereka, Papar telah ditadbir oleh pembesar-pembesar tempatan. Ketua daerahmya adalah seorang yang berbangsa bajau iaitu Datu Amir Bahar. Beliau pernah memimpin satu pemberontakan untuk menghalau seorang pembesar Brunei yang pada ketika itu menguasai Daerah Papar. Pembesar Brunei tersebut setelah dihalau keluar dari Papar, kemudiannya telah menyerah daerah ini kepada dua orang asing iaitu Overbeck dan dua beradik Dent pada tahun 1877.

Sementara itu, pegawai British yang pertama ditugaskan di Papar ialah H.L. Leicester. Beliau telah mula bertugas pada bulan Februari 1878 dengan penuh harapan bahawa beliau boleh mententeramkan keadaan di Papar supaya usaha untuk memperoleh hasil ekonomi dari kawasan ini boleh dipertingkatkan.

Walau bagaimanapun, pentadbiran awal British di Papar tidak bertahan lama kerana masalah kesulitan kewangan. Tidak lama kemudian H.L. Leicester telah digantikan oleh Everett. Everett telah berusaha untuk mengadakan pentadbiran yang berkesan tetapi tidak berjaya sepenuhnya kerana kesulitan untuk menyelesaikan pertelingkahan diantara puak-puak di daerah ini.

Tambahan pula, beliau tidak mempunyai kakitangan yang mencukupi untuk membantunya. Untuk memudahkan pentadbirannya, beliau telah menjalinkan hubungan yang baik dengan pembesar-pembesar tempatan seperti Datuk Amir Bahar, Ketua orang-orang Bajau dan OKK Dugassa. Beliau seterusnya menyerahkan tugas yang berkaitan dengan pentadbiran tempatan kepada mereka.

Stesen pentadbiran British di Papar terletak di tebing anak Sungai Papar berhampiran dengan Sekolah Menengah Majakir sekarang ini. Pada mulanya tempat ini hanya mempunyai beberapa bangunan yang diperbuat daripada kajang dan beratapkan daun rumbia yang dimiliki oleh Kerajaan.

Selama berada di bawah Syarikat Berpiagam, Papar telah mengalami beberapa sistem pentadbiran, dimana ia ditadbir oleh seorang Pegawai Daerah, kadangkala ia juga ditadbir seorang Pemangku Penolong Pegawai Daerah yang berada dibawah jagaan Pegawai Daerah di Jesselton (Kota Kinabalu). Keadaan ini bergantung kepada kemampuan Kerajaan untuk menyediakan pegawai-pegawai pentadbir.

Dibawah pentadbiran British, Pegawai British akan dibantu oleh Ketua-Ketua Anak Negeri dan juga Kapitan Cina yang pertama ialah Chan Fook iaitu ayah kepada Datuk Chi On. Bagi suku kaum Kadazan-Dusun pula mereka telah dipimpin oleh Duraun. Kesemua suku kaum yang berada di daerah Papar ini bekerja sama untuk memajukan daerah Papar.

Sementara itu masyarakat Islam di daerah Papar dikatakan bermula sejak tahun 1780 lagi. Pada masa itu sudah terdapat kampung seperti Kampung Sapat, Kampung Singgah Mata (Buang Sayang), Kampung Subarang (sekarang Pekan Papar) dan Kampung Palaun. Penghulu ketika itu ialah Dato Kupar yang tinggal di Kampung Subarang. Imamnya pula bernama Dato Durauf.

Pada waktu itu hanya terdapat surau-surau sahaja sebagai tempat beribadat. Masjid pertama daerah Papar telah didirikan di Kampung Laut pada 1890. Imamnya ialah Sarif Haji Idris yang berasal dari Indonesia. Disamping menjadi Imam, beliau juga merupakan guru agama.

Ekoran daripada perkembangan ini, ramai alim ulama dari Brunei dan Sarawak datang dan menetap di Papar. Papar merupakan salah satu pusat kegiatan Islam di "Negeri Di Bawah Bayu" ini.

Apabila penduduk daerah ini semakin bertambah, Sekolah Melayu Pekan Papar telah didirikan pada tahun 1920. Manakala Sekolah Menengah St Joseph telah didirikan oleh Rev. Father Klyn.